Começou a governar em 1557 e terminou em 1578 Quando Dom João III morreu, em 1557, já todos os seus nove filhos já haviam falecido.
Como herdeiro direto restava apenas um neto, Dom Sebastião, que tinha nessa altura apenas três anos de idade. Foi nomeado um regente até que o jovem rei tivesse idade para governar. Quando fez quatorze anos, Dom Sebastião tomou conta do governo. Sendo, além de jovem, muito religioso e influenciável, o seu modelo eram os antigos heróis e o seu sonho as grandes batalhas de combate aos infiéis. Daí que o seu principal projeto fosse conquistar Marrocos aos muçulmanos.
Não era, aliás, o único a defender esta ideia. Desde que a Índia começara a dar mais prejuízos que lucros, muita gente estava de acordo em que era preferível conquistar o Norte de África – zona rica em cereais e comércio – do que continuar a manter com grandes sacrifícios o Império do Oriente.
Com o que quase ninguém esteve de acordo – sobretudo as pessoas mais prudentes – foi com a maneira como D. Sebastião preparou e dirigiu a sua expedição ao Norte de África. Em 1578, tinha então vinte e quatro anos, partiu para Marrocos com um exército de dezassete mil homens, dos quais cerca de um terço eram mercenários estrangeiros.
Embora os militares mais experimentados na guerra o aconselhassem a não se afastar da costa de onde lhe poderia vir auxílio dos navios portugueses, o rei preferiu avançar para o interior com as suas tropas. Encontrou o exército muçulmano em Alcácer Quibir e aí se travou a célebre e infeliz batalha em que foram mortos ou feitos prisioneiros praticamente todos os portugueses que nela participaram.
O rei também morreu na batalha, mas nenhum dos portugueses que regressaram disse que viu o seu corpo. A chegada da notícia desse desastre a Lisboa provocou cenas de perturbação e dor indescritíveis.
Das famílias nobres, poucas eram as que não tinham perdido um ou mais dos seus filhos e parentes. Outros tinham ficado cativos em Marrocos e iria ser preciso pagar grandes importâncias para os libertar.
Mas, sobretudo, os portugueses choraram o seu rei que tinha morrido solteiro e sem deixar descendentes. Dois anos depois, Portugal perdeu a sua independência política, visto que Filipe II rei de Espanha e neto do rei Dom Manuel I, subiu ao trono de Portugal.
Durante os anos que se seguiram, o povo acreditava que Dom Sebastião não tinha morrido na batalha e iria regressar a Portugal, numa noite de nevoeiro. Então, reclamaria para si o trono e o reino ganharia de novo a sua independência. Esta crença popular ficou
conhecida na história com o nome de “Sebastianismo”.
